重庆保税港区是我国首个内陆保税港区，也是首个同时拥有空港和水港的保税港区。重庆海关称，保税港区是海关特殊监管区域，私自将商品从保税港区带出将涉及偷逃关税。因此，保税港区要开展运作，第一步就是将两路空港和寸滩水港共约8平方公里的区域全面封闭，封闭将采用高铁丝网，并在铁丝网上设置视频监控设备。这项工作将在年内完成。封闭后，进出保税港区的货物和人员均要得到海关许可。
保税货物离开重庆水港后，经由长江水道到达上海尚有数千公里，重庆海关称，保税港区运作有望采取货物在重庆港区预结关，抵达出境地口岸装上海船后正式结关的模式。为此，重庆保税港区将建立与上海洋山外港的联合运作机制。
重庆海关透露，连接两路空港和寸滩水港之间的高速公路暂不封闭，在这两个保税区域之间行驶的车辆将受到GPS、视频、货物铅封等方式的严密监控。